西藏藏医学院成立于1989年9月，中国唯一一所独立设置的藏医药高等院校，实行以西藏自治区管理为主，西藏自治区人民政府与国家中医药管理局共建，国家中医药管理局重点支持高校。

西藏藏医学院前身系西藏藏医学校（中专）和西藏大学藏医系，1989年9月成立西藏大学藏医学院，1993年国家教委教批准独立设置药王山藏医学院，2001年国家教育部批准更名为西藏藏医学院。

据2018年6月学校官网信息显示，学院占地面积82133平方米，建筑面积50127.37平方米，固定资产5945万元，教学科研仪器设备值2100万元；设有5个教学机构，开办有5个本科专业，34个专科专业，新批准2个本科专业；共有各类在校生2235人，教职员工190人，其中专任教师90人。